Fermez les yeux et imaginez un endroit qui regroupe des bactéries, des virus, des levures, des archées… donc plein de micro-organismes et que cet endroit soit beaucoup moins effrayant qu’il n'en a l’air, voire même plutôt positif et vecteur de bonne santé ?
Cet endroit existe vraiment et il demande à être aimé et chouchouté, bienvenue dans le microbiote !
Tout le monde en parle donc c’est l’occasion de comprendre un peu mieux en quoi il est important pour le fonctionnement de l’organisme.
Le microbiote c’est l’ensemble des micro-organismes qui sont regroupés et qui vivent dans un même environnement : dans notre bouche, sur notre peau, dans nos poumons, dans notre vagin (si vous êtes une femme bien sûr) … et aussi dans notre tube digestif.
Celui qui va nous intéresser plus précisément est le microbiote intestinal, un acteur majeur du système digestif (le microbiote colique plus exactement, la dernière partie de l’intestin) car c’est l’endroit qui regroupe le plus de micro-organismes (autant de bactéries que de cellules humaines et 100 fois plus de gènes que les cellules humaines n’en possèdent).
On l’appelait il y a quelques années : la « flore intestinale commensale », c’est vrai que c’est moins sympa que « Microbiote ».
Dans tous les cas, c’est sur cette flore que notre alimentation va avoir un impact direct et même indirect. En effet, on sait que la flore intestinale est établie dès la naissance avec notamment le mode de naissance (par la flore fécale et vaginale de la mère) et l’allaitement puis il devient mature vers l’âge de 2-3 ans. Il est unique à chaque individu comme les empreintes digitales mais sa composition va évoluer par la suite avec l’âge, les maladies… et surtout l’alimentation !
Comme nous, les bactéries ont besoin de se nourrir. Dans notre intestin et plus particulièrement dans le côlon, elles trouvent un environnement propice, de la nourriture et, en échange, elles produisent des molécules intéressantes pour nous.
Donnez-leur à manger des prébiotiques (j’explique ça juste après, promis !) elles vous fabriqueront notamment des vitamines (K, vitamines du groupe B…), de la sérotonine (un neurotransmetteur), des acides gras à chaîne courte comme le butyrate. Celui-ci va nourrir nos cellules intestinales et participer à l’optimisation de l’axe intestin-cerveau c’est à dire à notre santé mentale au final.
Sans parler de son rôle clé dans le système immunitaire, de sa fonction de barrière et de détoxication de certaines molécules... Elles sont chouettes ces bactéries, on les nourrit et elles nous nourrissent en retour !
Quand tout cela se passe bien, le microbiote est équilibré – un microbiote équilibré favorise la santé digestive et mentale, c’est ce qu’on appelle l’eubiose. Le microbiote est résilient mais parfois il évolue vers un déséquilibre en termes de quantité d’espèces, de diversité, mais également un déséquilibre entre les bactéries protectrices et les bactéries dites pathogènes et surtout opportunistes (les méchantes en gros).
On va parler de déséquilibre qu’on appelle la dysbiose dont les causes peuvent être multiples : la prise d’antibiotiques de manière prolongée, certains médicaments, le stress, une perturbation des fonctions digestives (mastication, fonction de l’estomac, bile et enzymes digestives…) et surtout le mode d’alimentation.
Aucun aliment n’est mauvais en soi mais les excès de certains aliments, et donc par extension la pauvreté en aliments microbiote-friendly, vont impacter la qualité du microbiote.
En effet, une alimentation excessive en acides gras saturés, en protéines animales, en sucres raffinés, en produits ultra-transformés (produits très modifiés par rapport à leur matrice d’origine) et en alcool… Que l’on appelle la « Western diet » (C’est-à-dire l’alimentation occidentale) va induire une pauvreté en végétaux et donc en fibres alimentaires.
Je rappelle qu’il faut les nourrir nos petits habitants… Il faut leur fournir des fibres et donc des prébiotiques !
Je parle ici de “prébiotiques”, pas de “probiotiques”, c’est différent. Les probiotiques sont par définition des micro-organismes, les prébiotiques sont ce que mangent ces probiotiques. D’ailleurs le terme postbiotiques existe aussi, c’est ce que fabriquent les micro-organismes (j’en ai déjà parlé : vitamines, butyrate, sérotonine…). Ça fait beaucoup de « biotiques » tout ça mais c’est le milieu où la vie peut se développer donc c’est primordial.
Les prébiotiques sont en règle générale des fibres alimentaires : des molécules glucidiques composantes des végétaux que nous ingérons.
Il existe aussi d’autres prébiotiques comme les acides gras polyinsaturés dont les fameux oméga 3 et oméga 6 mais aussi les CLA (conjugated linoleic acid) qui sont des acides gras conjugués de l'acide linoléique. On va retrouver également les polyphénols qui sont des anti-oxydants présents dans les végétaux, la lignine (végétale mais non glucidique donc non considérée comme une fibre) … Et enfin et ce qui va nous intéresser dans un deuxième temps, le collagène, une protéine considérée comme prébiotique.
Toutes ces molécules vont, comme les fibres, participer au festin pour le microbiote.

Les fibres ne sont pas digérées par notre organisme, c’est bien fait tout ça ! Notre microbiote a donc un festin devant lui car lui peut les digérer.
L’Anses, l’Agence Nationale de Sécurité Sanitaire de l'Alimentation, de l'environnement et du travail, recommande une consommation de 30g de fibres par jour pour les adultes (25g pour les personnes âgées). Dans les faits, la population française apporte plutôt 10g de fibres par jour dans les assiettes, on est loin du festin promis à nos micro-organismes !
On va trouver ces fibres dans tous les aliments d’origine végétale : les céréales, les légumes secs (lentilles, haricots rouges, pois chiches…), les fruits et les légumes. Ce qui ne va pas dans le sens de l’alimentation ultra-transformée en plein essor actuellement.
Certains aliments sont plus riches en inuline, une fibre prébiotique adorée du microbiote que l’on va retrouver dans les oignons, l’ail, les bananes, les asperges, les poireaux, le topinambour, la chicorée notamment.
Dans une alimentation équilibrée, ces aliments prébiotiques trouvent leur place facilement. « Mangez 5 fruits et légumes par jour » ça vous parle ? Et hop, des fibres dans l’assiette, même si c’est plus de légumes que de fruits, on comprend le message pour notre microbiote intestinal. Pensez aux céréales plutôt complètes voire semi-complètes que raffinées, ou encore aux alternatives sans gluten comme le quinoa ou le sarrasin, une poignée de graines oléagineuses par jour (noix, amandes, graines…), les féculents cuits puis refroidis donnant naissance à l’amidon résistant qui est aussi une fibre (pomme de terre et riz principalement) …

Ces fibres adorées du microbiote sont également fermentescibles. Ainsi elles peuvent poser quelques soucis aux personnes ayant un syndrome de l’intestin irritable, maladie touchant entre 11% et 13% de la population française.
En effet, fermentescible veut dire fermenté par le microbiote c’est-à-dire que celui-ci aime tellement les fibres qu’il va produire des gaz (c’est le principe de fermentation lactique) parfois en excès provoquant des ballonnements, douleurs abdominales et problèmes de transit aux personnes ayant généralement une hypersensibilité viscérale, caractéristique du syndrome de l’intestin irritable.
Il conviendra alors de se concentrer sur l’apport de fibres moins fermentescibles et en quantité adaptée, afin de préserver le confort digestif de chacun. Ne pas hésiter à faire appel à une diététicienne-nutritionniste spécialisée en troubles digestifs pour trouver un équilibre alimentaire et notamment un équilibre des fibres selon votre contexte.
Une autre solution intéressante pour nourrir le microbiote est le bouillon d’os. C’est une préparation alimentaire ancestrale à base d’os (de bœuf, poulet, porc ou autre) et de légumes (ail, oignon, carottes, céleri, poivron… avec un choix vers les légumes de saison), du vinaigre, des épices et parfois d’autres ingrédients.
Ces ingrédients sont cuits longuement (18h à 72h voire plus) et à basse température pour tirer le meilleur des nutriments de ces aliments. Il en résulte un concentré de nutriments (acides aminés, minéraux et vitamines) dans un liquide très digeste.
Le bouillon d’os ne contient pas de fibres même s’il est préparé à partir de légumes étant donné qu’il est filtré. Par contre, il est très riche en collagène qui est une protéine, c’est-à-dire un polymère de 3 acides aminés : la glycine, la proline et l’hydroxyproline.
Lors de la digestion du bouillon d’os dans notre organisme, le collagène est hydrolysé (c’est-à-dire « découpé ») en peptides de collagène, un plus petit polymère d’acides aminés ayant des propriétés prébiotiques et comme vu précédemment cela permet de nourrir le microbiote.
Le bouillon d’os contient également un autre acide aminé, la glutamine qui est l’un des carburants privilégiés des cellules intestinales, de quoi renforcer l’environnement préféré de notre microbiote. La glutamine est également aidante pour les personnes ayant le syndrome de l’intestin irritable du fait de son action bénéfique sur la paroi intestinale. Il s’intègre donc dans une démarche alimentation-santé, contribuant à la santé globale et au confort digestif.
Pour tirer tous les avantages du bouillon d’os dans une alimentation équilibrée, quelques cuillères à soupe par jour dans une soupe, purée, sauce, ragoût… Ou tout simplement dans un petit bol à boire, cela suffit également. Il se surgèle également, ce qui le rend pratique et facilement utilisable au quotidien.
Céline Bernard - Nutritionniste Diététicienne - https://www.chroniquesduventre.fr
Source : Peptides dérivés du collagène comme prébiotiques pour améliorer la santé intestinale / Baojing Ren, Kaiyan Yue ,Yu Hao Zhang ,Yu Fu (2024)
